海藻糖酶（trehalase）是一种糖苷水解酶，人体中的由小肠刷状缘上皮细胞产生，广泛存在于细菌、真菌、植物和动物体中。该酶对海藻糖有特异作用，催化海藻糖转化为葡萄糖。一分子海藻糖水解后生成2个分子的葡萄糖，满足生物新陈代谢的能量需求。
海藻糖酶是一种胞外酶，国际酶学编号为EC 3.2.1.28，属于水解酶类，等电点为4.37，在正常体液pH 7.4时带有大量负电荷。该酶经SDS-PAGE电泳显示出一个75 kDa的分子带。海藻糖酶的cDNA已从人、家兔和鼠组织中分离出来。人海藻糖酶cDNA完整序列显示，该酶由583个氨基酸残基组成，在氨基端含有一个由19个氨基酸残基组成的典型的可切信号肽，在羧基端含有5个潜在的糖基化位点和一个疏水区。
据报道，在假单胞菌、芽孢杆菌、根瘤菌和几种放线菌中海藻糖作为储存碳水化合物存在，并且可能是其产生抗性的部分原因。虽然已知海藻糖不存在于哺乳动物中，但发现海藻糖酶存在于肾刷状缘膜和肠绒毛膜中。正常情况下，肠中底物虽然不存在，但该酶存在的功能是水解人体即时摄入的海藻糖。当吃海藻糖含量高的食物如蘑菇时，肠道海藻糖酶缺陷的个体会出现腹泻。海藻糖酶水解海藻糖是各种生物的重要生理过程，如真菌孢子萌发，昆虫飞行和静息细胞恢复生长。海藻糖酶在工业和医学方面有重要用途。
